Scanpy로 PBMC 클러스터링, 세포 주석, 궤적 분석을 위한 단일세포 RNA-seq 분석 파이프라인 구축하기
How to Build a Single-Cell RNA-seq Analysis Pipeline with Scanpy for PBMC Clustering, Annotation, and Trajectory Discovery
TL;DR AI
1분핵심 요약
Scanpy 튜토리얼은 PBMC-3k 단일세포 RNA-seq 데이터를 QC와 더블릿 제거부터 정규화와 유전자 선택까지 전 과정을 처리한다.
세포주기와 인터페론 반응 점수를 계산하고, 기술적 효과를 보정한 뒤 UMAP과 t-SNE로 차원을 축소한다.
Leiden 클러스터링과 마커 기반 주석으로 면역세포 집단을 구분하고, PAGA와 diffusion pseudotime으로 계통 구조를 추정한다.
최종 AnnData 객체를 저장해 후속 생물학 분석에 바로 활용할 수 있게 한다.